[POSSIBLE VIRUS:###] [protege-owl] DIG problem

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[POSSIBLE VIRUS:###] [protege-owl] DIG problem

Alan Rector
I am using an old version so this may be fixed, but the ontology  
attached - adapted slightly from the ontology at
http://morphine.coling.uni-freiburg.de/~schulz/BioTop/BioTop.html



Seems to stop old Racer and Fact++ and produces the following error  
when run with Pellet

Actually there are three variants attached. The 01 variant is  
probably what did it, but all three give very odd results.
-----------------------
Alan Rector
Professor of Medical Informatics
School of Computer Science
University of Manchester
Manchester M13 9PL, UK
TEL +44 (0) 161 275 6149/6188
FAX +44 (0) 161 275 6204
www.cs.man.ac.uk/mig
www.clinical-esciences.org
www.co-ode.org


Last login: Fri Jun 23 11:58:22 on ttyp3
/Applications/pellet-1.3-beta/pellet-dig.sh; exit
Welcome to Darwin!
Alan-Rectors-Computer:~ alanrector$ /Applications/pellet-1.3-beta/
pellet-dig.sh; exit

PelletDIGServer started (Port: 8081)
ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Carboxy_Group"/>
     <or>
         <and>
             <and>
                 <atleast num="1">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Carbon_Atom"/>
                 </atleast>
                 <atmost num="1">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Carbon_Atom"/>
                 </atmost>
             </and>
             <and>
                 <atleast num="1">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Oxygen_Atom"/>
                 </atleast>
                 <atmost num="1">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Oxygen_Atom"/>
                 </atmost>
             </and>
         </and>
         <and>
             <and>
                 <atleast num="2">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Oxygen_Atom"/>
                 </atleast>
                 <atmost num="2">
                     <ratom name="has_component"/>
                     <catom name="Oxygen_Atom"/>
                 </atmost>
             </and>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Hydrogen_Atom"/>
             </atmost>
         </and>
     </or>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Peptide_Molecule"/>
     <atmost num="100">
         <ratom name="has_component"/>
         <catom name="Amino_Acid_Molecule_or_Residue"/>
     </atmost>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<equalc>
     <catom name="Amino_Acid_Molecule_or_Residue"/>
     <and>
         <catom name="Organic_Compound"/>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Amino_Acid_Core"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Amino_Acid_Core"/>
             </atmost>
         </and>
     </and>
</equalc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Protein_Molecule"/>
     <atleast num="101">
         <ratom name="has_component"/>
         <catom name="Amino_Acid_Molecule_or_Residue"/>
     </atleast>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<equalc>
     <catom name="Nucleotide"/>
     <and>
         <catom name="Organic_Compound"/>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Phosphate"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Phosphate"/>
             </atmost>
         </and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Monosaccharide"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Monosaccharide"/>
             </atmost>
         </and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Heterocyclic_Base"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Heterocyclic_Base"/>
             </atmost>
         </and>
         <all>
             <ratom name="has_component"/>
             <or>
                 <catom name="Phosphate"/>
                 <catom name="Monosaccharide"/>
                 <catom name="Heterocyclic_Base"/>
             </or>
         </all>
     </and>
</equalc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<equalc>
     <catom name="Amino_Acid_Core"/>
     <and>
         <catom name="Organic_Compound"/>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carbon_Atom"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carbon_Atom"/>
             </atmost>
         </and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carboxy_Group"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carboxy_Group"/>
             </atmost>
         </and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Amino_Group"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Amino_Group"/>
             </atmost>
         </and>
     </and>
</equalc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Amino_Group"/>
     <atmost num="3">
         <ratom name="has_component"/>
         <catom name="Hydrogen_Atom"/>
     </atmost>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Amino_Group"/>
     <and>
         <atleast num="1">
             <ratom name="has_component"/>
             <catom name="Nitrogen_Atom"/>
         </atleast>
         <atmost num="1">
             <ratom name="has_component"/>
             <catom name="Nitrogen_Atom"/>
         </atmost>
     </and>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<impliesc>
     <catom name="Amino_Group"/>
     <atleast num="1">
         <ratom name="has_component"/>
         <catom name="Hydrogen_Atom"/>
     </atleast>
</impliesc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<equalc>
     <catom name="Carbon_Hydrogen_Structure"/>
     <and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carbon_Atom"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Carbon_Atom"/>
             </atmost>
         </and>
         <and>
             <atleast num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Hydrogen_Atom"/>
             </atleast>
             <atmost num="1">
                 <ratom name="has_component"/>
                 <catom name="Hydrogen_Atom"/>
             </atmost>
         </and>
         <catom name="Organic_Compound"/>
     </and>
</equalc>

ERROR [SocketListener0-1] (DIGTellHandler.java:251) - Ignoring  
invalid tell command:
<equalr>
     <ratom name="proper_part_of"/>
     <inverse>
         <ratom name="has_proper_part"/>
     </inverse>
</equalr>


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